Минфин подчеркивает: если есть налоговый агент, инспекция не возвращает излишне удержанный им налог. Вернуть такую переплату должен тот, кто ее удержал. Ведомство и ранее приходило к такому мнению. Аналогичного подхода придерживаются КС РФ и ФНС. 

Иногда работодатели перечисляют в бюджет большую сумму НДФЛ, чем требуется. Они обязаны вернуть переплату по заявлению сотрудника. Если юрлицо откажет сотруднику и направит его за возвратом в налоговую, то совершит ошибку. Организации грозит судебное разбирательство, поскольку работник вправе оспорить в суде отказ в возврате переплаты.

Письмо Минфина России от 27.09.2016 N 03-04-05/56176

Материал подготовлен компанией «Консультант Плюс» и предоставлен ООО «Консультант-Ока» - информационным центром Сети КонсультантПлюс в г. Рязани.