Даже если источником обеспечения субсидии, выделенной из бюджета субъекта РФ, являются межбюджетные трансферты, она не может рассматриваться как субсидия из федерального бюджета. К такому выводу Минфин приходит не в первый раз. 

Как указало ведомство, НК РФ предусматривает, что восстанавливать ранее принятый к вычету НДС нужно, когда для возмещения затрат на оплату приобретенных товаров, работ или услуг получена субсидия из федерального бюджета. При выделении средств из бюджетов других уровней это положение не применяется.

Аналогичную точку зрения высказывал и ВС РФ. Позиция суда отражена в обзоре судебной практики, который ФНС направляла нижестоящим органам для использования в работе.

Письмо Минфина России от 30.08.2016 N 03-07-11/50508

Материал подготовлен компанией «Консультант Плюс» и предоставлен ООО «Консультант-Ока» - информационным центром Сети КонсультантПлюс в г. Рязани.